1. שימוש בממס: ניתן לנקות דיו סיליקון באמצעות ממסים ספציפיים, כמו אלכוהול ואצטון. ראשית, שפכו את הממס למיכל ניקוי, ואז משרים את כלי ההדפסה בממס ושפשפו אותו בעדינות כדי להמיס את דיו הסיליקון. לבסוף, שוטפים במים נקיים ומאפשרים להם להתייבש.
2. שימוש בחומר ניקוי: ניתן לנקות גם דיו סיליקון באמצעות מנקה ייעודי, כמו מנקה דיו סיליקון. השיטה דומה לניקוי ממס: שפכו את חומר הניקוי למיכל ניקוי, משרים את כלי ההדפסה בתוכו, משפשפים אותו בעדינות, ואז שוטפים במים נקיים ומאפשרים לה להתייבש.
3. שימוש במכונה: לקבלת ציוד הדפסה גדול יותר ניתן להשתמש במכונה. מקם את ציוד ההדפסה במכונת ניקוי וקבע את תוכנית הניקוי המתאימה. ניקוי מכני יסיר באופן יסודי יותר את דיו הסיליקון.
